HAPI FHIR
Server 架設
1. 準備一台Linux環境的電腦(或虛擬機)
1-1. 準備一台Linux環境的電腦(或虛擬機),並且進入Linux環境中。
2. 安裝HAPI FHIR Server
2-1. 安裝docker。
3. 更換Logo
sudo snap install docker2-2. 下載HAPI FHIR專案。 (若無法下載專案可點選下載2024/1/30前的版本)
git clone https://github.com/hapifhir/hapi-fhir-jpaserver-starter.git2-3. 將原本docker-compose.yml檔案中的東西刪除,並改成使用docker配置的相關資訊,以下為完整內容。
version: '3.7'
services:
fhir:
container_name: fhir
image: "hapiproject/hapi:latest"
ports:
- "8080:8080"
configs:
- source: hapi
target: /app/config/application.yaml
depends_on:
- db
db:
image: postgres
restart: always
environment:
POSTGRES_PASSWORD: admin
POSTGRES_USER: admin
POSTGRES_DB: hapi
volumes:
- ./hapi.postgress.data:/var/lib/postgresql/data
configs:
hapi:
file: ./hapi.application.yaml
2-4. 修改hapi.application.yaml 檔案中的資訊,以下為完整內容。
spring:
datasource:
url: 'jdbc:postgresql://db:5432/hapi'
username: admin
password: admin
driverClassName: org.postgresql.Driver
jpa:
properties:
hibernate.dialect: ca.uhn.fhir.jpa.model.dialect.HapiFhirPostgres94Dialect
hibernate.search.enabled: false
2-5. 啟動 Docker Compose 專案。
sudo docker-compose up -d
3-1. 先刪除原本的照片
3-3. 重新建立Image映像檔,先查看目前的Hapi Image名稱
圖文版教學手冊
rm hapi-fhir-jpaserver-starter/src/main/webapp/img/sample-logo.jpg3-2. 將照片傳至Linux伺服器中(此步驟在不同Linux版本可能會有所不同)
3-3. 重新建立Image映像檔,先查看目前的Hapi Image名稱
sudo docker image ls3-3. 刪除Hapi Image
sudo docker image rm hapi-fhir/hapi-fhir-jpaserver-starter(若此步驟無法執行,可能是因為有容器使用了此Image,因此可以先將使用到的刪除)
sudo docker ps -a #查看所有容器 sudo docker stop <容器ID> #暫停容器 sudo docker rm <容器ID> #刪除容器3-4. 建立新的Image
sudo docker build --no-cache -t hapi-fhir/hapi-fhir-jpaserver-starter . sudo docker run -p8080:8080 -d --name Hsu_Lab_Hapi <新的Image ID>
(若使用手機板可能無法顯示,可點擊此開啟教學手冊)
示範網址
https://HAPI.standard-interoperability-lab.com
1. 準備一台Windows環境的電腦(或虛擬機)
1-1. 準備一台Windows環境的電腦(或虛擬機),並且進入Windows環境中。
2. 連線Windows遠端桌面(若使用本機則可以省略本步驟)
2-1. 開啟遠端桌面輸入要連線的主機ip,並且輸入使用者帳號及密碼。
3. Windows開啟防火牆
3-1. 開啟「Windows Defender 防火牆」,並開啟「8080」port的授權規則。
4. 安裝jdk 17版本
4-1. 至「https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#jdk17-windows」下載並安裝符合電腦規格的jdk。
(若無法下載檔案可點選下載2024/1/30前的版本)
4-2. 新增環境變數「JAVA_HOME」,並指向jdk安裝的位置。
4-3. 編輯環境變數「PATH」,並指向jdk安裝的位置底下的/bin資料夾。
5. 安裝Maven
4-2. 新增環境變數「JAVA_HOME」,並指向jdk安裝的位置。
4-3. 編輯環境變數「PATH」,並指向jdk安裝的位置底下的/bin資料夾。
5-1. 至「https://maven.apache.org/download.cgi?.」下載符合電腦規格的Maven,並將下載的檔案解壓縮後,放在易於管理的路徑位置(不用安裝)。
(若無法下載檔案可點選下載2024/1/30前的版本)
5-2. 編輯環境變數「PATH」,並指向Maven資料夾底下的/bin資料夾。
6. 安裝PostgetSQL
5-2. 編輯環境變數「PATH」,並指向Maven資料夾底下的/bin資料夾。
6-1. 至「https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads」下載並安裝符合電腦規格的PostgetSQL。
(若無法下載檔案可點選下載2024/1/30前的版本)
6-2. 新增一個儲存HAPI FHIR 資料的資料庫。
7. 安裝HAPI FHIR starter
6-2. 新增一個儲存HAPI FHIR 資料的資料庫。
7-1. 至「https://github.com/hapifhir/hapi-fhir-jpaserver-starter」下載壓縮檔並解壓縮後放在易於管理的路徑位置(不用安裝)。 (若無法下載專案可點選下載2024/1/30前的版本)
7-2. 找到解壓縮後資料夾中的「/src/main/resources/application.yaml」,並修改spring中datasource及jpa的內容,修改內容如下(詳細內容可至圖文版教學手冊中察看):
8. 更換Logo
7-2. 找到解壓縮後資料夾中的「/src/main/resources/application.yaml」,並修改spring中datasource及jpa的內容,修改內容如下(詳細內容可至圖文版教學手冊中察看):
spring:
datasource:
url: 'jdbc:postgresql://localhost:5432/hapi' # hapi需改為6-2.中新增的資料庫名稱
username: postgres # 需改為設定的使用者名稱
password: password # 需改為設定的密碼
driverClassName: org.postgresql.Driver
jpa:
properties:
hibernate.dialect: ca.uhn.fhir.jpa.model.dialect.HapiFhirPostgres94Dialect
hibernate.search.enabled: false
7-3. 在HAPI FHIR starter的資料夾中開啟「命令提示字元」,並輸入指令開始執行HAPI FHIR(命令提示字元不能關掉,否則無法連線)。
mvn -Pjetty jetty:run
8-1. 將「src/main/webapp/img/」資料夾中的「sample-logo.jpg」替換成想要的照片。
8-2. 重新執行7-3步驟。
圖文版教學手冊
8-2. 重新執行7-3步驟。
(若使用手機板可能無法顯示,可點擊此開啟教學手冊)
示範網址
https://HAPI.standard-interoperability-lab.com