Burni FHIR

1-1. 準備一台Linux環境的電腦(或虛擬機)，並且進入Linux環境中。

2-1. 安裝docker。

sudo snap install docker

2-2. 下載Burni on FHIR專案。 (若無法下載專案可點選下載2024/1/30前的版本)

git clone https://github.com/Chinlinlee/Burni.git

2-3. 進入 Burni 資料夾並安裝 npm 套件。。

cd Burni
npm install

2-4. 設定環境變數。

cp .env.template .env

MONGODB_NAME="admin"
MONGODB_HOSTS=["fhir-burni-mongodb"]
MONGODB_PORTS=[27017]
MONGODB_USER="root"
MONGODB_PASSWORD="root"
MONGODB_IS_SHARDING_MODE=false
MONGODB_AUTH_DB=admin

SERVER_PORT=8080
SERVER_SESSION_SECRET_KEY="secretKey"

FHIRSERVER_HOST="localhost"
FHIRSERVER_PORT=8080
FHIRSERVER_APIPATH="fhir"

ENABLE_CHECK_ALL_RESOURCE_ID=false
ENABLE_CHECK_REFERENCE=false

ENABLE_CSHARP_VALIDATOR=false
VALIDATION_FILES_ROOT_PATH="/validationResources"
VALIDATION_API_URL="http://burni-fhir-validator-api:7414"

2-5. 產生所有 FHIR Resource 的設定檔。

cp config/config.template.js config/config.js
node config/generate-config-allResources.js
npm run build

2-6. 建立 Plug-in 的設定檔。

cp plugins/config.template.js plugins/config.js

2-7. 建立 Dockerfile。

FROM keymetrics/pm2:16-slim

# Install JDK
RUN apt update && apt install openjdk-11-jdk-headless make g++ python3 netcat curl iputils-ping -y

WORKDIR /
RUN mkdir -p /nodejs/fhir-burni/
RUN chown -R node:node /nodejs
WORKDIR /nodejs/fhir-burni/
# Bundle APP files
COPY --chown=node:node package*.json /nodejs/fhir-burni/
COPY --chown=node:node . /nodejs/fhir-burni/

# Install app dependencies
ENV NPM_CONFIG_docLOGLEVEL warn
ENV NODE_ENV production
RUN npm ci --omit=dev

# Show current folder structure in logs
#RUN ls -al -R
USER node
CMD [ "pm2-runtime", "start", "ecosystem.config.js", "--node-args=\"--max-old-space-size=4096\""]

2-8. 建立 docker-compose.yml。

version: '3.4'

services:
  fhir-burni-mongodb:
    image: mongo:4.2
    container_name : fhir-burni-mongodb
    restart: always
    ports:
      - 27017:27017
    volumes:
      - ./mongodb/db:/data/db
    environment:
      # provide your credentials here
      - MONGO_INITDB_DATABASE=admin
      - MONGO_INITDB_ROOT_USERNAME=root
      - MONGO_INITDB_ROOT_PASSWORD=root
      - MONGO_PORT=27017

  fhir-burni:
    build: ./
    container_name: fhir-burni
    command: >
      /bin/sh -c '
      while ! nc -z fhir-burni-mongodb 27017;
      do
        echo "waiting for database ...";
        sleep 3;
      done;
      echo "db is ready!";
      pm2-runtime start ecosystem.config.js;
      '
    volumes :
      - ./:/nodejs/fhir-burni
      - /nodejs/fhir-burni/node_modules
    ports:
      - 8080:8080
    depends_on:
      - fhir-burni-mongodb
    tty : true
    restart: on-failure:3
    stdin_open : true

2-9. 啟動 Docker Compose 專案。

docker compose up -d --build